El ejército y la policía mexicana participaron en el ataque a jóvenes. Demasiados días han pasado para que el presidente Enrique Peña Nieto para condenar el ataque en contra de los estudiantes de Ayotzinapa, puede que se deba a la confirmación en el mismo de la policía y el ejército, en la emboscada que cobró personas heridas y, por el momento, 43 desaparecidos.

La revista Proceso ha publicado una investigación donde afirma que Fuerza Federales participaron el pasado 26 de setiembre en Igualada y lo hicieron en el ataque contra los estudiantes del estado de Guerrero, los periodistas a cargo de esa investigación, Steve Fisher y Anabel Hernández, que contaron además con el apoyo de la Universidad de California, afirman que el #Gobierno Federal de México supo en todo momento lo que pasó en el momento de la masacre.

La investigación demuestra, sobre la base de testimonios, informes inéditos, videos y declaraciones judiciales, que la Policía Federal tuvo participación directa en el ataque a los jóvenes y la versión oficial de los hechos se ha mantenido oculta por espacio de más de dos meses. La revista denuncia, basada en la investigación llevada a cabo, que el ataque se realizó para golpear la estructura ideológica del Comité de Lucha Estudiantil, ya que uno de los 43 desaparecidos formaba parte del Comité y 10 de ellos eran "activistas políticos en formación" del COPI (Comité de Orientación Política e Ideológica); fuentes de la misma investigación trabajan sobre una hipótesis aún más espeluznante: que el alcalde de Iguala habría ordenado el ataque contra los aspirantes a maestros rurales.

La intención del alcalde habría sido evitar que los estudiantes llegasen a interrumpir un informe de Gobierno elaborado por María de los Ángeles Pineda Villa, esposa de Abarca y titular del área municipal de Desarrollo Integral de la Familia, esa noche, la del 25 de setiembre, su mujer presentaba ese informe en la DIF y formaba parte del lanzamiento de campaña electoral para reemplazar a Abarca en el municipio.

Siempre según el informe de la revista, el alcalde y su esposa, al enterarse de la llegada de los estudiantes, temieron que los mismos interrumpieran el acto, por lo que él mismo dio la orden de cortar el avance de los estudiantes, sin saber que los mismos solo iban a tomar unos buses para trasladarse a sus prácticas como docentes en el estado de Guerrero.

Los sobrevivientes relataron que los agentes abrieron fuego contra ellos y ya entonces decenas de oficiales cayeron detenidos, esto se supo casi desde el comienzo de las investigaciones. Ya luego el grupo criminal acabó el macabro trabajo asesinando a los 43 secuestrados. Abundante información obtenida por Fisher y Hernández demuestra que agentes federales y soldados estaban al tanto de todo y participaron en los hechos.El mismo informe señala que esa noche, a las 21.30, los tres niveles de Gobierno ya estaban informados de la masacre, por tanto no existe forma de que el gobierno de Peña Nieto niegue que no sabía lo ocurrido.