Controvertido político y conocido en el mundo por autonombrarse Legítimo Presidente de México luego de perder las elecciones de 2006 con el ex presidente Felipe Calderón, del Partido Acción Nacional (PAN).
Al crearse en 1989 el Partido de la Revolución Democrática (PRD), es nombrado presidente de este instituto político en Tabasco.
Durante los siguientes años encabezó un éxodo a la Ciudad de México por las irregularidades cometidas por el PRI en las elecciones municipales de 1991. Y en 1994 sus partidarios lanzan nuevamente su candidatura como gobernador de su Estado.
Luego de un escándalo de abuso de poder, sus detractores promovieron su desafuero tras ser acusado de haber incumplido un ordenamiento judicial que exigía la suspensión de la construcción de una calle sobre un terreno expropiado años atrás por gobiernos anteriores. De este modo, el 7 de abril de 2005 AMLO perdió el fuero.
El tema fue polémico y provocó un enfrentamiento entre el Gobierno de la República y el de la ciudad. Al ser sujeto a proceso legal, aún sin ser declarado culpable, López Obrador no podría registrarse como candidato a la presidencia Mexicana.
El 7 de abril de 2005 la Cámara de Diputados del Congreso de la Unión aprobó retirar la inmunidad judicial al Jefe de Gobierno. Y el 11 de agosto de 2005 inició su precampaña hacia la Presidencia de la República.
AMLO perdió las elecciones y el 5 de septiembre de 2006, rechazó el fallo del Tribunal Electoral, que declaró Presidente de la República a Felipe Calderón Hinojosa.
El fallo levantó la ira del político y sus seguidores que denunciaron fraude y exigieron el recuento de los votos, al tiempo que organizaron protestas masivas a través de la Convención Nacional Democrática, organización civil que le nombraría Presidente Legítimo de México.
En la elección de 2012, de nuevo como candidato a la Presidencia, vuelve a quedar en segundo lugar, debajo del candidato del PRI, Enrique Peña Nieto.
Actualmente se desempeña como presidente del Consejo Nacional del Movimiento Regeneración Nacional y se dice que volverá a buscar la presidencia en las elecciones del 2018.